在第二集中，尼奥（基努·里维斯饰）未能从内部摧毁“黑客帝国”。他的身体在现实世界的宇宙飞船上处于昏迷状态，但他的思想被困在“矩阵”和现实世界之间，而现实世界由“火车人”控制。Murphy（Laurence Fishburne饰）、Trinity（Carey Ann Moss Carrie Anne Moss饰。此时此刻，电子乌贼部队向锡安发起猛烈进攻，人类组织全体机甲战士展开顽强抵抗，形势危急；尼奥和特里尼蒂驾驶一艘宇宙飞船克服了重重困难，抵达了机电城。尼奥终于遇到了机电世界的统治者，“机电皇帝”。双方进行了谈判并达成了一项协议：尼奥罢免了不受“黑客帝国”控制的史密斯，以换取锡安的和平。在“矩阵”中，尼奥和史密斯进行了人类生死之间的最后一场战斗。
